XBlaze Code: Embryo sa odohráva 150 rokov pred udalosťami v BlazBlue a sleduje príbeh Touya Kagari - študenta, ktorý sa ocitne zapletený v udalostiach, ktoré presahujú jeho chápanie, keď je z ničoho nič napadnutý neznámymi entitami. Dievča menom Es sa zjaví z ničoho a ochráni Touyu, no potom odmieta odísť... .
